מגדל העמק נבחרה כמועמדת לקבלת פרס חינוך ארצי, בביקורה של ועדת פרס החינוך בתאריך 27 באוקטובר 2009, הוצגה בפניהם הפעילות החינוכית הייחודית הקיימת בעיר.

 בטכס מרשים ורב משתתפים הוצגו התהליכים החינוכיים היחודיים, ותוכניות  ייחודיות הנותנות מענה למגוון רחב של תלמידים. בלטה מאוד מעורבותו ותרומתו הגדולה של ראש העיר, מר אלי ברדה,  המוביל ביד רמה את מערכת החינוך בעיר, מתוך אמונה באימרתו: " במגדל העמק החינוך בראש",  ובהתייחסותו המועדפת להעמדה של החינוך בראש סדר פעולותיו.ועדת פרס החינוך נחשפה לעשייה החינוכית ולדרכה הייחודית בקידום כל ילד וילדה במערכת החינוך להצלחה ולהעצמה אישית.

חברי ועדת הפרס התרשמו מקיומה של מערכת חינוך דינמית המציבה את  הילד ומשפחתו  במרכז העשייה, ופועלת תוך שיתוף פעולה בין כל הגורמים,  וממערכת שמתחדשת בהתאם לצורכי התלמידים והקהילה בה היא פועלת.

הובאו בפני הוועדה עדויות מרגשות של המנהיגות החינוכית האותנטית בעיר, המחוייבת לתלמידיה, אנשי החינוך המובילים בעיר ובראשם מנהלי בתיה"ס צמחו במערכת החינוך היישובית, וחשו התרגשות גדולה לספר את סיפורם האישי בפני הוועדה.

החשיבה המערכתית במגדל העמק החותרת למצויינות חברתית, ערכית והישגית,  הינה תוצאה של עבודה מערכתית ומתכללת שהתפתחה במערכת החינוך במגדל העמק,  ושממנה למדו ולומדות מערכות חינוך אחרות. החשיבה באה לידי ביטוי בבנייה והבנייה מחדש של בתי הספר בהיבט ערכי, חינוכי פדגוגי והישגי.ועל כל אלה זכתה מגדל העמק לקבל את פרס החינוך הארצי.